- Пінгвіни, які так сильно полюбилися багатьом глядачам, потрапили в проект абсолютно випадково. Річ у тім, що другий режисер мультфільму Ерік Дарнелл вигадав їх набагато раніше - під час створення мультфільму "Rockumentary", який так і не вийшов, що розповідає про долю рок-колективу, створеного з пінгвінів. Долучившись до роботи над "Мадагаскаром", Ерік пропхнув свою ідею в сюжетну лінію мультфільму. Таким чином, пінгвіни перекваліфікувалися з рок-музикантів на завзятих командос.
- На отримання ролі Глорії претендували Мадонна, Дженніфер Лопез і Гвен Стефані. Зрештою роль дісталася Джаді Пінкетт Сміт.
- Під час вибору композитора проєкту відбулася рокіровка: замість Гаррі Грегсона-Вільямса в проєкт прийшов Ганс Циммер. Цікаво, що під час роботи над фільмом "Царство небесне" (2005) відбулася зворотна заміна: замість Ганса композитором став Гаррі.
- Одна з робочих назв мультфільму - "Дике життя".
- Початковий варіант сценарію описував долю гуманістів, які звільняють тварин із кліток.
- Під час сцени, що проходить на території Таймс-Сквер, в якій зебра Марті адресує своє запитання поліцейському коню, на екрані проскакує логотип компанії Hewlett-Packard. HP є офіційним постачальником комп'ютерної техніки для анімаційного підрозділу студії DreamWorks.
- В епізоді, де Алекс будує статую Свободи на Мадагаскарі, на ній розміщений волейбольний м'яч Wilson, точно такий самий, як у кінофільмі "Ізгой" (2000).
- На самому Мадагаскарі мультфільм був тривалий час заборонений через схожість "самопроголошеного короля Лемурів" Джуліана з цілою низкою державних діячів, які прийшли до влади на острові в результаті переворотів.
- В оригінальній версії, коли на Мадагаскарі Алекс і Марті біжать один на одного для радісних обіймів, але потім Алекс впадає в гнів, згадавши, що вони всі потрапили на острів через Марті, Марті тікаючи каже "Oh, Sugar Honey Ice Tea", здавалося б, нічого особливого, насправді, тут є прихована лайка, якщо скласти перші літери починаючи зі слова "Sugar", то вийде слово "Shit".