Події розгортаються у світі, де відкривають екзотичну матерію (ЕМ) - таємничу енергію, що змінює свідомість. Виникають дві фракції: Просвітлені, які вірять, що ЕМ є інструментом людської еволюції, та Опір, який бачить у ній потенційну загрозу. Конфлікт між цими фракціями формує центральну передумову серіалу. Головний герой - Макото, молодий хлопець, який стає учасником конфлікту після зустрічі з потойбічною істотою. Він отримує здатність бачити XM і потрапляє в небезпечний світ таємних організацій, прихованих планів і надприродних здібностей. Макото опиняється в епіцентрі боротьби між Просвітленими та Опором.
Протягом усього серіалу Макото об'єднується з іншими персонажами, зокрема Сарою та Джеком, щоб розплутати складну павутину змов і розкрити правду про XM та його походження. Сюжетна лінія переносить героїв у різні куточки світу, розкриваючи глобальні масштаби конфлікту та вплив XM на суспільство.