Другий сезон "Фабрики Кота" продовжує стежити за життям студентів, які готуються до JEE (Спільного вступного іспиту) у тренувальному центрі Кота, Індія. Тиск посилився, адже головні герої на чолі з Вайбхавом вже другий рік готуються до іспитів.
Сезон заглиблюється в динаміку екосистеми коучингу в Коті, підкреслюючи різкий контраст між інституціями, які ставлять на перше місце навчання студентів, і тими, що зосереджені виключно на підвищенні рейтингу на іспитах. Цю дихотомію ілюструють стилі викладання Джіту Бхайя, улюбленої фігури наставника, та суворий, знеособлений підхід Інституту Махешварі.
Поряд з академічними викликами, сезон досліджує особисті подорожі студентів. Вайбхав переживає свої перші романтичні стосунки, проблеми зі здоров'ям та стосунки з матір'ю. Інші персонажі, такі як Сусу, також проходять через трансформаційний досвід, який формує їхнє зростання.