Початок 2-го сезону присвячений вступу Чісе до коледжу як студентки, а Еліаса - як професора магії. Перемога над алхіміком Картафілом у 1-му сезоні та його упокоєння тимчасово поклали край конфлікту між ними. Однак сон Картафіла, в який він зануриться, не триватиме вічно. Тим часом, поки Чісе намагається повернутися до свого звичайного життя, з тіні виходить ляльковод Попелясте Око. Також головній героїні належить підправити здоров'я, на яке вплинули наслідки протистояння з Картафілом. У результаті цієї битви вона втратила руку, яка тепер почорніла.
Крім того, Чісе прийняла прокляття дракона і втягнула магію страху, гніву і болю в своє тіло, і тепер ці темні порожнечі день у день роз'їдають її зсередини. Чісе не знає, коли вона помре, але розуміє, що в неї немає майбутнього. Тим часом Еліас щосили намагається знайти рішення, як врятувати свою наречену від смертельної недуги і повернути її до нормального життя. Все найцікавіше починається, коли Чісе отримує запрошення від таємної організації взаємодопомоги для магів, яка здавна існує при Британській бібліотеці.