У другому сезоні події розгортаються через чотири роки після завершення попереднього конфлікту. Світ змінюється під контролем Організації Об'єднаних Націй, а колишні члени організації Celestial Being, яка боролася за мир, опинилися в тіні. Однак нова глобальна загроза — автономна армія A-Laws — використовує силу для придушення незгодних, порушуючи справжній мир. Пілоти Celestial Being, зокрема Сецуна Ф. Сеєй, знову беруться до зброї, щоб протистояти тиранії A-Laws. Нові гігантські роботи Gundam і старі вороги повертаються в епіцентр подій. Сезон заглиблюється в теми війни, ідеалів та жертв, які доводиться приносити в ім’я справедливості.