Події розгортаються в постапокаліптичному світі. Сіндзі Ікарі, підліток, якого організація NERV наймає пілотувати гігантського гуманоїдного робота під назвою "Євангеліон". Ці Євангеліони - остання лінія захисту людства від таємничих і жахливих істот, відомих як Ангели, які загрожують знищити світ. Сіндзі, який має напружені стосунки зі своїм батьком, Гендо Ікарі, головою NERV, неохоче погоджується пілотувати "Євангеліон-01".
Приєднавшись до NERV, він знайомиться з іншими пілотами, серед яких загадкова Рей Аянами та зухвала Асука Ленглі Сорю. Разом вони борються проти Ангелів, стикаючись як з фізичними битвами, так і з внутрішньою боротьбою.