Події фантастичного аніме розгортаються через 15 років після страшної катастрофи та загадкового нападу на Землю з боку інопланетних істот, відомих як Ангели. Люди, що залишилися в живих, всіма силами намагаються протистояти противнику за допомогою величезних біороботів Євангеліонів, пілотування якими здійснюють юні, але відважні підлітки: Сіндзі, Рей, Аска, Марі та багато інших. Щоправда, перед тим як стати пілотом Євангеліона, хоробрі бійці мають пройти курс підготовки в секретній штаб-квартирі організації "Nerv", розташованій у Токіо-3. Для такої роботи необхідна повна синхронізація з біороботом, а це завдання під силу не кожному. Так само за рідну планету веде боротьбу юний хлопець Сіндзі. Незважаючи на досить складні стосунки з іншими пілотами, Сіндзі повністю віддається виконанню своєї вкрай важливої місії, а також усіма силами намагається не допустити "Третього Удару", який стане справжнім кінцем світу для всього людства.