Мультфільм продовжує подорож майора Мотоко Кусанаґі у складному світі кіберпанку. У цій частині Мотоко втягнута в романтичні стосунки, але її спокій виявляється нетривалим, коли місто руйнує терористичний вибух, пов'язаний з таємничою організацією. Група, відома під назвою «Сцилла», використовує протези, оснащені смертоносною зброєю, для розпалювання хаосу. Під час розслідування Кусанаґі та її команда виявляють зв'язки з минулим майора, розплутуючи змову, яка переплітається з кібертероризмом, військовими таємницями та особистою помстою. Фільм досліджує теми любові, пам'яті та розмитих меж між людством і технологіями на тлі інтенсивного екшену та психологічної напруги.