За кілька десятиліть після поразки Шао Кана Кано, який вижив і отримав механічне тіло, використовує смерть Лю Канга і пристрій часу "Кроніка", щоб розграбувати світ. Однак Шан Цун, втративши свої сили, прикидається, що співпрацює з Кано. У цей час Куай Лян, який не здатний контролювати свої сили і завдає шкоди безневинним людям, вирішує жити мирно і не звертати уваги на дії Кано та інших. Це відбувається доти, доки він не зустрічає Такахасі. Спочатку Куай Лян сподівається, що Такахасі не буде мстити Кано та іншим.
Однак, бачачи слабкість Такахасі внаслідок маніпуляцій Шан Цунга, Куай Лян згадує власне минуле і зі співчуття вирішує поділитися з Такахасі своїми знаннями. Тим часом Шан Цун, отримавши силу завдяки допомозі Такахасі, вирішує протистояти Кано. Поки Кано і Чорний Дракон продовжують сіяти хаос по всьому світу, молодий воїн на ім'я Кенші опиняється перед обличчям загрози, що насувається.