Нік Ф'юрі - легендарний шпигун, який живе у вигнанні з часів холодної війни. Але коли його давній ворог, зла баронеса фон Штрукер, з'являється зі смертоносним планом запустити вірус, який може знищити мільйони людей, Ф'юрі знову викликає на допомогу свою колишню колегу Вейл. Разом вони повинні проникнути на секретну базу баронеси і не дати їй здійснити запуск ракети, яка несе вірус "Смертельна голова" - зброю, що може перетворити Мангеттен на пустку. По дорозі вони стикаються з небезпекою, зрадою та власним темним минулим Ф'юрі.