Спеціальна програма під назвою "Початковий код", розроблена Службою безпеки США, таємно створена з метою протидії терористичним актам. Один з агентів проходить випробування і вирушає в тіло зовсім іншої людини, яка перебуває в поїзді. За вісім хвилин цей поїзд має вибухнути, і тому він саме там, щоб знайти того, хто заклав бомбу. У початковому коді складно змінювати правила програми, але все виявилося не так, як планувалося спочатку. Переміщення в часі і до того ж у чужий розум не завжди може бути передбачуваним. Завдяки заплутаній історії та захопливій грі, "Початковий код" кидає виклик уявленням про реальність і піднімає філософські питання про природу існування. Фільм тримає глядачів у напрузі, коли вони намагаються скласти пазл і розкрити правду про місію агента.