Під галасливими вулицями Нью-Йорка, в його заплутаній мережі каналізацій, відбулася унікальна трансформація. Чотири черепахи та щур після випадкової зустрічі з викинутими радіоактивними відходами зазнали вражаючих метаморфоз. Вони не просто збільшилися в розмірах, ставши схожими на людей, але й набули розуму та здатності мислити. Прикметно, що історія пацюка була просякнута бойовими мистецтвами, оскільки раніше він жив з майстром японського ніндзюцу.
Спираючись на своє минуле, пацюк став наставником для черепах, передаючи їм свої знання та навички бойових мистецтв. Прийнявши свою нову ідентичність, черепахи отримали імена, натхненні відомими художниками епохи Відродження: Леонардо, Рафаеля, Мікеланджело та Донателло. У процесі адаптації до нового життя черепахи уклали несподіваний альянс з тележурналісткою. Це партнерство виявилося корисним, оскільки разом вони взялися за складне завдання боротьби зі сплеском молодіжної злочинності в мегаполісі та її зниження.