Минуло 20 років з подій у картині "Хрещений батько - 2". Майкл Корлеоне (Аль Пачіно) зайнятий тим, що намагається максимально "відмити" свій бізнес і постаратися перевести його в легальне русло. Завдання непросте, маючи за плечима злочини, шантаж і вбивства. Його син Тоні (Френк Д'Амброссіо) не бажає йти стопами батька. Також він не хоче ставати сімейним юристом, а мріє про кар'єру музиканта. Майкл розуміє, що Тоні ніколи не стане Доном і не очолить його клан, отже, потрібно шукати наступника.
Сестра Майкла Коні (Талія Шайр) пропонує Майклу розглянути кандидатуру Вінсента Мансіні (Енді Гарсіа), який володіє всіма необхідними рисами характеру для того, щоб стати Доном: він твердий, рішучий, розумний і добре знається на людях. Між Вінсентом і спільниками Майкла Корлеоне починається конфлікт, унаслідок якого Вінсент входить у ближнє коло сім'ї Корлеоне.
Одного разу він знайомиться з дочкою Майкла на ім'я Мері (Софія Коппола), між молодими людьми виникає тяжіння, яке незабаром переростає у велике і пристрасне почуття. Мері закохується у Вінсента, а він у неї. Тим часом одне з головних завдань, що стоять перед Майклом, - отримати контрольний пакет акцій великої корпорації, завдяки чому він повністю відбілить свій чорний бізнес і стане одним із найбагатших людей у світі. Але угода на межі зриву через несподівані обставини. На раді кланів Майкл Корлеоне оголошує, що йде зі злочинного бізнесу і на прощання виплачує своїм колишнім компаньйонам великі суми. Але не всі задоволені його рішенням, і наприкінці зборів він ледь не гине, бо колеги влаштували стрілянину. Майкла рятує Вінсент, але через якийсь час у Донаа трапляється гіпертонічний криз, і він впадає в кому. Тепер Вінсент Корлеоне стає Доном і бере захист честі сім'ї Корлеоне у свої руки. Тепер його ім'я Дон Вінченцо Корлеоне, і йому доводиться відмовитися від любові до Мері, для того щоб зосередити у своїх руках владу...