У Далласі, штат Техас, терористична бомба зруйнувала будівлю. Розслідуючи інцидент, агенти ФБР Фокс Малдер і Дана Скаллі натрапляють на змову, набагато небезпечнішу, ніж будь-яка з тих, з якими вони стикалися раніше. Вони ризикують усім, включно з життям і кар'єрою, щоб нейтралізувати смертельний вірус, який може знищити все живе на нашій планеті, і який, можливо, має позаземне походження.
У пошуках відповідей вони перетинаються з тіньовою групою впливових осіб, які намагаються приховати свою підпільну діяльність. Цей синдикат переслідує агентів через техаську печеру, головний офіс ФБР і таємний антарктичний об'єкт, що приховує грандіозну таємницю.