Третій сезон заглиблюється у стосунки між Нацуме та духами, чиї імена зберігаються у Книзі друзів. Розуміння Нацуме світу духів еволюціонує, і вона стикається з викликами, які випробовують її рішучість і співчуття. У цьому сезоні також з'являються нові персонажі та духи, що розширюють багате полотно серіалу.