У регіоні Канто Сатоші отримує запрошення від професора Юкінарі Оокідо відвідати церемонію відкриття лабораторії професора Сакураґі у Вермільйон-Сіті. Під час заходу сигнал тривоги сповіщає про можливу появу рідкісного покемона в гавані міста. Сатоші та інші тренери поспішають на місце події, сподіваючись побачити цього таємничого покемона. На свій подив, вони виявляють Лугію, легендарного покемона, який веде запеклу битву з іншими тренерами.
Спостерігаючи за тактикою тренерів, Сатоші наказує Пікачу обрушити на Лугію удар блискавки. Незважаючи на удар, Лугія втікає, і Сатоші, сповнений рішучості, стрибає йому на спину. На свій подив, він зустрічає іншого хлопчика, Гоу, який також стрибнув на Лугію. Разом вони вирушають у захоплюючу пригоду через моря на верхівці Лугії.
Коли Лугія врешті-решт приземляється, Сатоші та Гоу прощаються з легендарним покемоном і повертаються до Інституту Сакураґі. Професор Сакураґі, вражений їхнім досвідом, запрошує Сатоші та Ґоу стати його новими науковими партнерами. Подорож дуету розгортається в різних регіонах, де вони зустрічають численних покемонів, у тому числі й тих, що мають здатність до гігантамаксу. Так починається новий розділ їхньої сповненої досліджень експедиції.