Війська дроїдів штурмують палац, але королева Падме знає, що звернутися по допомогу треба до великих і могутніх джедаїв добра, які здатні дати відсіч темним силам на чолі з імператором Палпатіном, темним володарем ситхів, який задумав стати міжгалактичним імператором, начисто вигравши цю війну та всі наступні битви проти сил Добра.
Масштабні битви плавно перетікають у підводний світ, де гунгани перебувають на порозі громадянської війни. Падме і Енакі**н вирушають до Мон Каламарі і куарренів, щоб послабити збройний конфлікт, що назріває. У цей час R2-D2 і C-3PO, заручившись підтримкою одного з клонів, вирішують допомогти жителям планети Еліін, яка страждає від постійних землетрусів. Залагодивши всі справи з гунганами, Падме, Енакі**н і Обі-Ван висаджуються на планеті Кір, жителі якої всі до єдиного стали власністю работорговців зі світу Зайгерії. Джедаї намагаються повернути народ Кіра, водночас переконавши королеву Зайгерії розірвати всі зв'язки з работорговцями. Енакі**н переживає через правильність своїх рішень, в той час як Асока і син одного з сепаратистських сенаторів вирушають за зовнішнє кільце з метою розкрити таємницю загибелі матері. Тим часом агенти Конфедерації планують викрадення сенатора Палпатіна, що стає відомо джедаям. Як хід у відповідь, Обі-Ван впроваджується в команду змовників під виглядом Рако Хардіна.