Події серіалу "Зоряна брама: Атлантида" починаються з останньої серії сьомого сезону серіалу "Зоряна брама SG-1" "Загублене місто". Далі серіали розходяться: персонажі "Зоряної брами SG-1" здобувають перемогу над гоаулдами і починають боротися з послідовниками Орай. А герої "Зоряна брама: Атлантида" засновують колонію в галактиці Пегас, знайомляться з рейфами і починають писати власну історію.
Щойно знаменитий лінгвіст Деніел Джексон (його роль беззмінно виконує Майкл Шенкс) розшифровує код міста Древніх, політику Елізабет Вейр (роль виконує Торрі Гіггінсон) доручають набрати учасників і очолити експедицію. Незважаючи на можливі небезпеки, зокрема високий відсоток імовірності неповернення, експедиція відкриває Зоряну браму і переміщається в іншу Галактику.
Протягом усього серіалу "Зоряна брама: Атлантида" члени наукової експедиції, яких захищає загін морських піхотинців на чолі з майором Шепардом (його грає Джо Фленніган), стикаються з культурами різних народів, що населяють Пегас, знаходять собі союзників і ворогів.