Ледве уникнувши руйнівної зброї супутника реплікаторів, Атлантида стикається з каскадом нових викликів, оскільки захисний щит міста починає швидко виснажувати і без того напружений модуль нульової точки (МНТ). Маючи у своєму розпорядженні обмежені ресурси, команда розпочинає складну серію ремонтних робіт, одночасно борючись із критичною ситуацією, в якій опинилися доктор МакКей та доктор Келлер, які повинні прийняти важке рішення, коли Елізабет Вейр зазнає серйозної травми.
У відчайдушній спробі врятувати життя Вейр вони змушені реактивувати її нанітів-реплікаторів. Поки місто проходить масштабний ремонт, їхні запаси енергії зменшуються, і вони не можуть увімкнути гіпердвигун і втекти у гіперпростір, залишаючи їх застряглими у невблаганних космічних просторах.