У цьому сезоні фокус зміщується в бік персонажних історій, що дозволяє глибше дослідити особистості та передісторії членів команди. Заглиблюючись у їхні внутрішні світи, експедиція виявляє нову небезпеку, яка, можливо, передвіщає появу загрози, подібної до реплікаторів. Примітно, що деякі ключові персонажі прощаються з серіалом протягом цього сезону, і доля Атлантиди знову довіряється людським мешканцям Землі.