У криміногенному Нью-Йорку репортерка Ейпріл О'Ніл розкриває хвилю крадіжок, скоєних злодіями-ніндзя. Коли на неї нападає вулична банда, вона тікає в каналізацію і зустрічає чотирьох балакучих черепах, що володіють бойовими мистецтвами. Ці черепахи на чолі зі своїм наставником Сплінтером розкривають свою історію як мутованих ніндзя.
Розслідуючи джерело злодіїв, вони натрапляють на роботів-ніндзя, що належать до клану Фут. Ейпріл викрадає Шреддер, що спонукає Черепашок розпочати зухвалу рятувальну місію.