Підлітки мутанти черепашки ніндзя

Поки Черепахи старанно намагаються використати силу уламків Вихрового Кристала, щоб забезпечити стабільність своїх мутацій, Лорд Дрегг має на думці зовсім інші плани. Він розробляє зловісний план використання тих самих уламків у створенні ще одного Вихрового кристала, щоб заправити свій грізний Вихровий транспортер.

На тлі цих подій, що розгортаються, заступник Дреґґа, ХайТек, стикається з несподіваним поворотом подій, коли його запускають у глибини космічного простору. Замість нього Дрегг призначає свого шанованого науковця Муна на роль нового заступника командира, що змінює динаміку операцій Дрегга.