Поки Черепахи старанно намагаються використати силу уламків Вихрового Кристала, щоб забезпечити стабільність своїх мутацій, Лорд Дрегг має на думці зовсім інші плани. Він розробляє зловісний план використання тих самих уламків у створенні ще одного Вихрового кристала, щоб заправити свій грізний Вихровий транспортер.
На тлі цих подій, що розгортаються, заступник Дреґґа, ХайТек, стикається з несподіваним поворотом подій, коли його запускають у глибини космічного простору. Замість нього Дрегг призначає свого шанованого науковця Муна на роль нового заступника командира, що змінює динаміку операцій Дрегга.