У другому сезоні ставлення уряду до 4400 стає більш складним, оскільки репатріанти продовжують адаптуватися до своїх новознайдених здібностей і суспільства. З'являються нові сюжетні лінії, пов'язані з 4400, зокрема розвиток дівчинки-екстрасенса на ім'я Майя та Ізабель, репатріантки зі здатністю маніпулювати свідомістю. Тим часом Джордан Колльєр, харизматичний репатріант, засновує Центр 4400 - місце, де 4400 людей можуть жити і розвивати свої здібності в мирі та спокої. Сезон заглиблюється у морально-етичні наслідки існування репатріантів, а також у боротьбу за владу та конфлікти, що виникають між різними групами.