У третьому сезоні феномен 4400 стає все більш поширеним, все більше людей повертаються з особливими здібностями. Вплив Джордана Коллієра зростає, і він стає центральною фігурою у спільноті 4400. Зусилля уряду з контролю та вивчення репатріантів стають більш агресивними, що призводить до зростання напруженості та конфліктів. У сезоні досліджуються теми урядового нагляду, наслідків використання особливих здібностей та ролі 4400 у формуванні майбутнього людства.