У третьому сезоні ставки зростають, оскільки команда стикається з одними з найбільш грізних викликів. Сезон розпочинається з "Саги про Фенікса", де сили Джин Ґрей розвиваються, що призводить до її перетворення на могутнього Фенікса. Ця сюжетна лінія веде Людей Ікс у космічну подорож, в якій вони зустрічаються з Імперією Шиар та ведуть запеклі бої за захист Всесвіту. Сезон також заглиблюється в "Сагу про Темного Фенікса", де величезна сила Джин стає небезпечною для всіх, змушуючи її друзів робити складний вибір. Паралельно з цими епічними арками Люди Ікс продовжують протистояти загрозам з боку антимутантних угруповань, мутантів-ізгоїв та власних демонів, зміцнюючи свої зв'язки та випробовуючи їхню стійкість.