У другому сезоні команда мутантів стикається з підвищеними загрозами і глибшими викликами, намагаючись захистити людство і мутантський рід. Цей сезон заглиблюється в Закон про реєстрацію мутантів, що викликає напругу і страх як серед мутантів, так і серед людей. Люди Ікс протистоять грізним супротивникам, серед яких могутній Містер Сіністер та його смертоносні Мародери, а також загадкова Імперія Шиар. Ключові персонажі, такі як Циклоп, Джин Грей та Росомаха, стикаються з особистими випробуваннями, розкриваючи більше про своє минуле та внутрішню боротьбу. Випробовуючи альянси та зав'язуючи нові дружні стосунки, команда бореться за мир і справедливість у світі, який дедалі більше їх боїться та ненавидить. Сезон відзначається напруженою дією, емоційною глибиною та динамікою персонажів, що розвиваються.