Події відбуваються в постапокаліптичному світі, де Т-вірус перетворив більшу частину людства на зомбі. Еліс, генетично вдосконалена вціліла, продовжує свою боротьбу проти корпорації "Амбрелла", зловісної організації, відповідальної за спалах вірусу. У пошуках безпечного притулку Еліс приєднується до групи вцілілих на чолі з Клер Редфілд, колишньою співробітницею "Амбрелли". Разом вони мандрують безлюдними пустками в пошуках притулку під назвою Аркадія, про який ходять чутки.
По дорозі вони стикаються з невблаганними ордами зомбі та гротескними мутаціями, створеними в результаті експериментів корпорації. У міру того, як розвиваються здібності Еліс, вона виявляє, що має психічний зв'язок з армією клонів, кожен з яких володіє її розширеними здібностями. Спонукувана бажанням помститися, Еліс протистоїть безжальному доктору Айзексу, який прагне контролювати її сили для власних зловісних цілей.