Нео (Кіану Рівз), Трініті (Керрі-Енн Мосс) і Морфеус (Лоуренс Фішберн) отримали короткий перепочинок на території Зіону. Насолоджуючись товариством коханої, Нео підсвідомо боїться її втратити, і йому сняться кошмари про її загибель. Жителі Зіону дізнаються, що протягом 72 годин машини, які почали рити тунель у глиб Землі, досягнуть міста. Командор Лок (Гаррі Леннікс/Harry J. Lennix) наказує всім кораблям повернутися до Зіону і бути готовими відбивати атаку. Всупереч наказу Морфеус відправляє свій корабель на зустріч із Піфією, щоб Нео отримав від неї фінальне пророцтво.