Нео (Кіану Рівз) опиняється в дивному місці, яке має вигляд метро, але де він зустрічається з "сім'єю" програм. Це проміжна зона між реальним світом і Матрицею, яку тримає під контролем Меровінген (Ламбер Вілсон). Нео не може самостійно покинути цю станцію. Дізнавшись від Піфії, де перебуває Нео, Морфеус (Лоуренс Фішберн) і Трініті (Керрі-Енн Мосс) повертаються до Меровінгена і змушують його відпустити Нео. Обраний востаннє зустрічається з Піфією, яка відкриває йому, що у нього є вільний, бездротовий зв'язок із Джерелом. Усі його унікальні здібності всередині і поза Матрицею зумовлені цим зв'язком. Вона також каже, що Сміт - антипод Нео, який загрожує знищити Матрицю і місто Машин. Так чи інакше, війна людей і машин скоро закінчиться, а результат битви залежатиме від Нео.