Молодий талановитий комп'ютерний фахівець Томас Андерсон (Кіану Рівз) веде подвійне життя: вдень працює у великій корпорації, а вночі стає хакером на прізвисько Нео. Він шукає відповідь на питання, що мучить його: "Що таке Матриця?". Пошуки приводять його до зустрічі з легендарним хакером Трініті (Керрі-Енн Мосс), а потім із таємничим Морфеусом (Лоуренс Фішберн). Однак Нео знайомиться не тільки з хакерами: на його слід виходить якийсь агент Сміт (Г'юго Вівінг), який зібрав на Томаса Андерсона повне досьє. Під час допиту агент імплантує в тіло Томаса "жучок" - передавач, який має вивести його на Морфеуса і його групу.