Спеціальний агент Дана Скаллі
(Джилліан Андерсон), експерт у галузі судової медицини та викладач Академії
ФБР, отримує завдання розслідувати зібрані в окремий архів незавершені справи,
засекречені через їхній зв'язок із паранормальними явищами. Як правило, в документах
згадуються надприродні або містичні істоти - прибульці, генетичні мутанти,
вампіри і перевертні. Будучи людиною наукового складу розуму, яка звикла все
піддавати ретельному аналізу, Скаллі твердо переконана, що нерозкритими справи
залишилися з цілком "земних" причин, і що варто копнути глибше, як
усі таємничі прибульці виявляться плодами людської фантазії.
Напарником Скаллі по роботі над проектом, що отримав кодову назву
"Секретні матеріали", призначений Фокс Малдер (Девід Духовни) -
психолог, фахівець із серійних вбивць.
Малдер вірить у паранормальні явища, і в основі його віри лежать дитячі
спогади про викрадення його молодшої сестри інопланетянами. Крім того, Малдер
упевнений, що існує урядова змова, мета якої - приховування інформації про
прибульців. За свій інтерес до незрозумілого він навіть отримав прізвисько
Привид.
Досліджуючи обставини різноманітних справ, деякі з яких переконливо
свідчать про існування паралельної реальності, а інші - не більше ніж відверті
містифікації, Скаллі поступово переконується, що є речі, які не піддаються
розумному поясненню; а Малдер, своєю чергою, позбувається фанатичної віри в
надприродне, почавши більш тверезо підходити до нез'ясовних фактів.
