Дія починається через три місяці після подій фіналу другого сезону.
Джоуї Гутьєрес (Хуан Пабло Раба) розвиває в собі здатність плавити метал. Дізнавшись про це, агенти Щ.И.Т. викрадають молоду людину в ATCU, який викрав його. Джоуї не розуміє, що з ним відбувається, і агент Дейзі (Хлоя Беннет) намагається пояснити йому, що він не зовсім людина, і його чужоземні здібності були активовані Терригеном. Бачачи, що Джоуї лише більше заплутався, вона звертається по допомогу до свого колишнього наставника Лінкольна (Люк Мітчелл), однак той не збирається більше вплутуватися у справи Щ.И.Т. і хоче просто вести звичайне життя.
Філ Колсон (Кларк Грегг) кидає виклик лідерці ATCU Розалінд Прайс (Констанс Зіммер), але під час зустрічі вони усвідомлюють, що є якась третя сила, зацікавлена в нових інопланетних істотах, і це монстр Леш, який якраз нападає на Дейзі та Лінкольна. Прибуття бійців ATCU змушує Леша і Лінкольна сховатися. Президент оголошує, що ATCU займе місце Щ.И.Т.-а, який веде підпільне існування. Насамперед Прайс оголошує полювання на Лінкольна.
Тим часом до рук агента Лео Фітца (Єн де Кестекер) потрапляє давньоєврейський сувій, що описує моноліт Крі, який поглинув його напарницю Джемму Сіммонс (Елізабет Хенстрідж). Переклад сувою стверджує, що Сіммонс мертва, проте Фітц відмовляється це прийняти. Насправді ж Сіммонс перенеслася на далеку пустельну планету.
Доктор Гарнер (Блер Андервуд) обстежує Джоуї і виносить вердикт: він не готовий приєднатися до бійців. Грант Ворд (Бретт Далтон) не припиняє спроб відновити Гідру і звертається до сина лідера організації Вернера фон Стракера по підтримку.
Агент Ленс Гантер, який полює на Ворда, виходить на слід колишньої дружини Гарнера, агента Мелінди Мей (Мінг-На Вен), яка на кілька місяців залишила Щ.И.Т... Попри проблеми з Колсоном і Гарнером, Мей вирішує приєднатися до Гантера і допомогти йому з Вордом.
Фітц розгадує феномен Моноліту і завдяки Елліоту з Асгарда знаходить стародавній британський замок, в якому збереглася машина, що відкриває за допомогою Моноліту портал. Скай (Хлоя Беннет) вдається створити копію машини, а Фітц входить у портал і знаходить Сіммонс. Після їхнього повернення сили Скай знищують Моноліт.