Попередній сезон був яскравим і насиченим подіями, як завжди зоряна команда потрапила в скрутні й навіть більш того дивні умови. Нагадаємо, як це було. Завершивши операцію вся команда агентів Щ. И. Т., зустрілася в невеликому кафе, щоб відпочити й обговорити минулі та майбутні справи, але за якимось дивним збігом обставин кожен з них спочатку заціпенів, а потім прокинувся в незнайомому місці, імовірно, на космічному об'єкті. Обстеження і знайомство з місцевими аборигенами не повністю прояснило ситуацію, але стало зрозуміло, що люди перебувають тут під прямим управлінням панівних синьошкірих іносмірців.
Хлопець на ім'я Верджил знав і вірив старій легенді про те, що агенти Щ.И.Т. обов'язково врятують залишки поневолених землян, але йому вдалося тільки зустріти їх, перш ніж хлопця забрав страшний монстр. Інший хлопець Дік зміг потроху ввести агентів в існуючий порядок речей і познайомити зі світом, в якому від планети Земля за 90 років залишаться тільки уламки. Залишки людської раси перебувають у страху за свої життя, але агенти Щ. И. Т. не могли змиритися з таким станом справ і почали діяти в різних напрямках, намагаючись дізнатися, що ж сталося в минулому і як це виправити.