Незважаючи на поразку Хана і створення "Генезису", капітан Джеймс Т. Кірк засмучений. Біль від втрати Спока, який пожертвував собою заради "Ентерпрайзу", затьмарює всі перемоги. Більше того, МакКой, ще один близький друг, здається психічно втраченим. Надія з'являється, коли Зарек, батько Спока, відкриває, що свідомість Спока знаходиться в Маккоєві.
Сповнений рішучості, Кірк захоплює його списаний корабель, порушуючи карантин Федерації на Генезисі, де його син Девід керує проектом. Проте небезпека насувається, коли клінгони на чолі з коммандером Круґом піднімають тривогу на "Генезисі", мчачи до доленосного протистояння.