З моменту подій першого епізоду минуло десять років... Становлення нового канцлера Палпатіна не принесло Республіці очікуваного врегулювання, і сенат остаточно занурюється в хаос і нескінченні чвари. Галактичну нестабільність посилює агресія з боку руху сепаратистів, які можуть стати новою небезпечною загрозою для всіх цивілізованих систем. Сенат готовий ухвалити рішення про створення армії...
Бажаючи приборкати політиків, сенатор Амідала необачно повертається на Корусант, де на неї здійснює замах таємничий найманець. Прибулі для захисту сенатора джедаї Обі-Ван Кенобі та Енакін Скайвокер починають власне розслідування, сліди якого ведуть на далеку планету Каміно. Туди прямує Обі-Ван, доручивши Енакіну охорону Амідали. Але між старими друзями спалахують сильні почуття...
Після прибуття на Каміно Обі-Ван з'ясовує, що колишній член ордена джедаїв замовив місцевим вченим створити армію клонів для відбиття можливої загрози в майбутньому. Там же Кенобі знайомиться з "батьком" клонів Джанго Феттом - загадковим найманцем, який імовірно є виконавцем замаху на Амідалу. Для того, щоб остаточно переконатися в цьому, Обі-Ван вирушає слідом за Феттом і опиняється на планеті Геонозис, де джедай потрапляє в ув'язнення до колишнього члена Ордену, а нині ситха - графа Дука.
Дізнавшись, що вчитель опинився в полоні, Енакін разом з Амідалою вирушає на Геонозіс, не здогадуючись, що пастка розставлена і для них. На полонених героїв чекає неминуча страта, однак, на допомогу встигають прибути інші джедаї, які заручилися підтримкою величезної армії клонів. Так почалася ще одна галактична війна...