Через рік після подій фільму "Зоряна брама" Зоряна брама несподівано активується сама по собі, і Системний Лорд Гоаулдів Апофіс починає атаку на базу. З'ясовується, що Зоряна брама на тому боці не була знищена, і загроза для Землі все ще існує. Відправляється експедиція, яка знаходить Деніела живим і дізнається про численні Зоряні Ворота по всій галактиці. Проект "Зоряна брама", раніше закритий, відновлюється, щоб захистити Землю та дослідити інші планети, і формуються команди SG.
На різних планетах земні дослідники зустрічають людей, яких Гоаулди забрали з Землі як рабів і господарів тисячі років тому, оскільки Гоаулди - змієподібні істоти, від природи здатні формувати симбіотичні стосунки з іншими видами. Виявляється, що боги стародавньої Землі, особливо в єгипетській міфології, є реальними сутностями - Системними Лордами Гоаулдів та їхніми помічниками. Серед мешканців інших планет їм вдається знайти дружні, невідомі форми життя, залишки зниклих розвинених цивілізацій. До земної команди приєднується перший прем'єр-міністр Апофіса Тілк, який починає сумніватися в божественності своїх господарів. Тим часом Гоаулди полюють на тих, кому вдалося вбити їхнього лідера Ра, що становить загрозу їхньому пануванню.
У фіналі сезону Апофіс спрямовує свій флот на Землю, сприймаючи землян як загрозу і потенційних нових рабів. Земля не має засобів для опору і покладається виключно на евакуацію та саботаж на чолі з SG-1.