Разом із чотирма союзниками - Джой, Ферагі, Торою та Адамом - Черепашки вирушають на тренування до монастиря Трибуналу Ніндзя. Їхня мета - підготуватися до неминучої і таємничої загрози зла. Однак Трибунал виявляється надзвичайно вимогливим і невблаганним у їхніх тренуваннях. Зрештою, Трибунал виявляє, що ворог, з яким вони повинні зіткнутися, - це демон Шреддер-тенгу, чию подобу узурпував Шреддер-утром. Демон може відродитися, якщо стародавні обладунки Трибуналу, розділені і заховані тисячоліття тому, возз'єднаються.
Несподівано група містиків викрадає реліквії і, здається, вбиває Трибунал. Не злякавшись, Черепахи, Сплінтер і Древній повертаються до Нью-Йорка, щоб підготуватися до неминучої небезпеки, яка чекає на них попереду.
Шреддер-тенгу відроджується містиками і починає атаку на Нью-Йорк, маючи намір усунути Караї, який прийняв його мантію. Незважаючи на відважні зусилля Черепашок, Шреддер-тенгу бере гору і перетворює місто на власне пекельне царство. Його зловісні плани поширюються на те, щоб нав'язати таку ж долю всьому світу. Для боротьби з цією страшною загрозою Черепахи об'єднують зусилля з чотирма вцілілими Служителями Трибуналу та своїми колишніми супротивниками. Разом вони планують штурм фортеці Шреддер-тенгу.
Під час напруженої битви Черепашки опиняються перед загрозою загибелі, але дух Майстра Хамато Йоші, наставника Сплінтер, втручається і воскрешає їх. Згодом вони виявляють вразливе місце Шреддера, яке Йоші використовує, щоб знищити демона. Коли пил вляжеться, з'ясовується, що Трибунал Ніндзя навмисно допустив їхню очевидну поразку, щоб передати цінні уроки своїм послідовникам. Древнього вербують на службу до Трибуналу, а Сплінтер змирився з втратою улюбленого вчителя.
Караї, встановивши унікальний зв'язок з Черепахами, вирішує розлучитися з ними, але залишається з ними в дружніх стосунках. Черепахи та їхні союзники стають сильнішими, засвоївши цінні уроки стійкості та дружби перед обличчям випробувань.