Черепашки Мутанти Ніндзя. Нові Пригоди

Злочинний світ у розпалі, а корумпований Бішоп організовує фальшиве інопланетне вторгнення, щоб забезпечити собі фінансування. Однак реальна загроза з'являється у вигляді нових мутантів, які є наслідком попереднього вторгнення. Вчений Стокман намагається клонувати нове людське тіло, але зазнає невдачі і зрештою гине у річці Гудзон. На диво, Бішоп воскрешає його як кіборга, визнаючи його корисність.

Леонардо, обтяжений минулими пригодами, стає похмурим і запеклим. Щоб допомогти йому відновити дух, Сплінтер відправляє Леонардо в паломництво, щоб отримати настанови від Древнього. Повернувшись до Нью-Йорка, Караї одягає мантію Шреддера і воскрешає клан Фут. За допомогою містиків вона знаходить і знищує лігво Черепах. Щоб захистити своїх близьких, Черепахи інсценують свою смерть і переховуються. Передбачаючи напад, Древній відправляє Леонардо назад до Нью-Йорка, де він возз'єднується зі своєю сім'єю і знаходить їм новий дім. Зрештою, Черепахи успішно долають Караї, пообіцявши більше ніколи не ворогувати.

Життя Донателло опиняється під загрозою через новий мутаген, що спонукає його друзів звернутися по допомогу до Бішопа із Зони 51. Бішоп погоджується допомогти, але за умови, що черепашки знайдуть Серце Тенґу, могутню реліквію, яка знаходиться у володінні Караї. Черепахи виконують місію, і спільними зусиллями Шкіряноголового та Стокмана їм вдається вилікувати Донателло. Тим часом Бішоп ненавмисно знищує Серце Тенґу, яким маніпулює істота, що виявляється Водним Містиком. Як наслідок, містики вириваються з-під впливу Клану ноги і вирішують воскресити "єдиного справжнього Шреддера".

У фіналі сезону Черепашки виявляються викраденими таємничою групою, відомою як Трибунал Ніндзя. Трибунал піддає їх випробуванням, оцінюючи їхню готовність протистояти великому злу, що насувається на них.