Мутовані черепашки-ніндзя разом зі своїм мудрим щуром-наставником Сплінтером живуть у підземній каналізації Нью-Йорка. Їхнє мирне існування різко змінюється, коли вчений Бакстер Стокман розгортає свою армію "мишачих роботів", щоб напасти на Ейпріл О'Ніл, відважну молоду жінку, яка викрила його злочинні наміри. На щастя, Черепашки втручаються вчасно, щоб захистити Ейпріл, зав'язавши з нею глибоку дружбу. Напад змушує Черепах перенести свою таємну схованку в нове, безпечне місце.
У своїй безперервній боротьбі проти злих сил Стокмана Черепашки перетинаються з Кейсі Джонсом, месником, відомим як Нічний Месник, який швидко стає союзником і другом Ейпріл. Незабаром Черепашки відкривають приголомшливе одкровення - Стокман працював у спілці з Шреддером, загадковим лідером Клану ніг, небезпечної групи ніндзя. Крім того, вони дізнаються про мутагенну речовину, відповідальну за їхнє власне перетворення і створення різних інших мутантів, не всі з яких налаштовані на добро.
Намагаючись перешкодити зловісним планам Шреддера, які передбачають створення нових мутантів і розширення злочинної діяльності, Черепашки вступають у доленосне протистояння зі Стокманом, який затаїв глибоке бажання помститися їм. Зрештою, завдяки неабиякій відвазі та стратегічній вправності, Черепашкам вдається проникнути у твердиню Шреддера і перемогти його, відрубавши йому голову та ефективно нейтралізувавши його загрозу.
Однак їхній тріумф затьмарює таємниче зникнення Сплінтер, їхнього улюбленого вчителя та провідника. Черепашки переживають цю несподівану втрату, їм залишається розгадати таємницю долі Сплінгера і продовжити боротьбу зі злочинністю та несправедливістю, знаючи, що їхня подорож ще далека від завершення.